La historia tomará lugar en el año 2307 de nuestra época, en esta época, el petróleo es un bien escaso y la humanidad tiene que confiar principalmente en la energía solar. Este mundo está dividido en tres bloques políticos: La Unión de Energía Solar y las Naciones Libres (ユニオン; basada en la OEA, Australia y Japón), La Liga de Reforma Humana (人類革新連盟; basada en China, Rusia e India) y la Unión Avanzada Europea basada en la Unión Europea. Las constantes guerras por motivos religiosos, energéticos o colonizadores hace actuar a “Celestial Being” (Ser Celestial), una “organización paramilitar empeñada en erradicar la guerra” que pretende utilizar a los mobile suits Gundams para lograrlo.
El protagonismo recae en Setsuna F. Seiei (刹那・F・セイエイ Setsuna F. Seiei?), un joven de origen kurdo, que de pequeño se vio envuelto en la guerra en Oriente Medio. Ahora se le ha asignado el GN-001 Gundam Exia, especializado en combate cuerpo a cuerpo. También, junto con otros tres jóvenes es escogido para integrar el equipo de "gundam meister (pilotos de gundam)", de Celestial Being, los cuales son: Lockon Stratos asignado al GN-002 Gundam Dynames, Allelujah Haptism asignado al GN-003 Gundam Kyrios, y Tieria Erde asignado al GN-005 Gundam Virtue.