En japonés, "mushi" ｢虫」o「蟲」significa "insecto" o "bicho".1 Sin embargo, en la serie no son plantas ni animales sino que seres vivos similares a microorganismos y hongos, siendo de varias formas y dimensiones. Debido a su forma etérea, su existencia y apariencia son desconocidas para la mayoría de los humanos, excepto para un reducido número que pueden verlos e interactuar con ellos. A veces, los mismos mushis habitan en los seres humanos como parásitos, entregando a cambio habilidades extraordinarias al huésped.
Ginko, el personaje principal, es un experto en Mushi. Él es un maestro de Mushi, que viaja para investigar y conocer más a estos seres. En el camino, ayudará a gente que tiene problemas con ciertos sucesos paranormales relacionados con los Mushi. Ginko toma generalmente, a modo de pago, objetos relacionados con los casos de Mushi que ha resuelto. Estos objetos son luego vendidos a coleccionistas. La historia se desenvuelve entre la era Edo, la era del aislamento, y Meiji, era en la que se moderniza Japón, así que tal vez por ese motivo Ginko tiene ropa diferente.