Kanokon' trata sobre Kouta Oyamada, un joven estudiante de primer de secundaria superior que se transfiere a la academia Kunpō. En su primer día de clases, una simpática estudiante de segundo año llamada Chizuru Minamoto le pide que vaya en su encuentro, solo, en la sala de música para conocerse. Cuando él llega, ella le confiesa que está enamorada de él y accidentalmente le revela que ella es en realidad una kitsune. Desde ese día los dos van juntos a la academia, y Chizuru se cuelga constantemente en Kouta algo que lo desconcierta grandemente debido a que otros lo miran despectivamente. Poco después de que la historia comience, una deidad lobo llamada Nozomu Ezomori se transfiere a la escuela y clase de Kouta. A partir de ese día, su vida se verá interrumpida por estas dos deidades, quienes competirán para decidir quien le corresponde a Kouta.