Es el año 2059, han pasado ya 47 años desde la primera guerra contra los zentraedis, en la cual la humanidad estuvo al borde de la extinción. Conscientes del riesgo que implicaba no tener otro hogar en el universo en el cual la humanidad pudiera sobrevivir, se inicia la era de la exploración espacial. Así, a abordo de gigantescas flotas colonizadoras compuestas por enormes naves que podían contener ciudades enteras, la raza humana se encaminan en la búsqueda de nuevos mundos que pudieran albergar vida humana. Una de estas flotas es la número 25 conocida como Macross Frontier la cual alberga alrededor de unas 10 millones de personas entre humanos y zentraedis, quienes desarrollan sus actividades como en cualquier urbe moderna.
Al comienzo de la serie la flota recibiría a la Idol Pop Sheryl Nome quien tendría un concierto en dicha colonia. Los protagonistas de la historia son Alto Saotome, un joven estudiante y que se gana la vida haciendo trabajos de medio tiempo (uno de estos trabajos era precisamente formar parte del número del concierto de Sheryl) y Ranka Lee, una chica que trabaja en la cadena de restaurantes Nyan Nyan (cadena de restaurantes propiedad de los tíos de Lynn Minmay) y Finalmente Sheryl Nome: la idol de esta serie. Mientras tanto en el espacio exterior algo terrible está por ocurrir.